1

TOUGH3 installation issue

I realized many people have difficulty in compilation of TOUGH3. After polishing the installation cmake scripts and reorganizing the installation package, compilation of TOUGH3 should be more easy, stable and fast. Attached are the introduction, updated cmake scripts, additional required files.

12 replies

null
    • kenny
    • 10 mths ago
    • Reported - view

    I noticed the original cmake script for compilation of AZTEC does not work properly in newer version of CMAKE. If this happen to you, please replace the original two filles with the attached ones, which are located at:  /esd-toughlib/tpls/template

    • SK_Kim
    • 9 mths ago
    • Reported - view

    Is there a way to compile TOUGH3 with the latest version of PETSC? Because older versions of PETSC require python2, whereas python2 is now depreciated.

    • kenny
    • 9 mths ago
    • Reported - view

    The TOUGH3 V1.1 allows using the latest version of PETSC

      • SK_Kim
      • 8 mths ago
      • Reported - view

      kenny Can I get version 1.1 if I already have version 1.0? Who can I contact?

      • kenny
      • 8 mths ago
      • Reported - view

      SK Kim  Please send us an email for the requesting. 

    • Yessica_Peralta
    • 5 mths ago
    • Reported - view

    The zip file t3_installation_additionalFiles is missing the Zip file of petsc-3.7.1.tar.gz

    • kenny
    • 5 mths ago
    • Reported - view

    I just checked. It was there.

      • Yessica_Peralta
      • 5 mths ago
      • Reported - view

      @kenny. I found it, Thanks

    • Yessica_Peralta
    • 5 mths ago
    • Reported - view

    I am trying to compile Tough3 in Cygwin (Windows) and I am getting the following error: Failed to configure TOUGH TPLS. I attached the CMakeError log for your reference. Could you please help me with it?. Thank you in advance. 

    • kenny
    • 5 mths ago
    • Reported - view

    Hi, I took a look of the log file. It seems something wrong with MPI installation. Have you installed the MPI (MPICH or OPENMPI)? I would suggest use WSL (Windows Linux Subsystem)  to replace the Cygwin for TOUGH codes compilation and execution. WSL is more robust compared to Cygwin for running TOUGH. 

    Kenny

    • Yessica_Peralta
    • 5 mths ago
    • Reported - view

    Hi, thank you for your reply. I have not installed MPI. I will take your advise about using WSL. 

    • Yessica_Peralta
    • 5 mths ago
    • Reported - view

    Hi,

    I am trying to compile cmake in ubuntu windows I get the following error: gmake[2]: Leaving directory '/home/yplinux/cmake-3.8.2/cmake-3.8.2/cmake-3.8.2'                                                                                                                                                                                                                                                                           [ 84%] Built target CMakeLib                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              gmake[2]: Entering directory '/home/yplinux/cmake-3.8.2/cmake-3.8.2/cmake-3.8.2'                                                                                                                                                                                                                                                                          Scanning dependencies of target CMakeServerLib                                                                                                                                                                                                                                                                                                            gmake[2]: Leaving directory '/home/yplinux/cmake-3.8.2/cmake-3.8.2/cmake-3.8.2'                                                                                                                                                                                                                                                                           gmake[2]: Entering directory '/home/yplinux/cmake-3.8.2/cmake-3.8.2/cmake-3.8.2'                                                                                                                                                                                                                                                                          [ 85%] Building CXX object Source/CMakeFiles/CMakeServerLib.dir/cmFileMonitor.cxx.o                                                                                                                                                                                                                                                                       [ 85%] Building CXX object Source/CMakeFiles/CMakeServerLib.dir/cmServer.cxx.o                                                                                                                                                                                                                                                                            [ 85%] Building CXX object Source/CMakeFiles/CMakeServerLib.dir/cmServerConnection.cxx.o                                                                                                                                                                                                                                                                  [ 85%] Building CXX object Source/CMakeFiles/CMakeServerLib.dir/cmServerProtocol.cxx.o                                                                                                                                                                                                                                                                    /home/yplinux/cmake-3.8.2/cmake-3.8.2/cmake-3.8.2/Source/cmServerProtocol.cxx: In member function ‘std::size_t std::hash<LanguageData>::operator()(const LanguageData&) const’:                                                                                                                                                                           /home/yplinux/cmake-3.8.2/cmake-3.8.2/cmake-3.8.2/Source/cmServerProtocol.cxx:620:43: error: ‘numeric_limits’ is not a member of ‘std’                                                                                                                                                                                                                      620 |                          (i.second ? std::numeric_limits<size_t>::max() : 0));                                                                                                                                                                                                                                                                          |                                           ^~~~~~~~~~~~~~                                                                                                                                                                                                                                                                                          /home/yplinux/cmake-3.8.2/cmake-3.8.2/cmake-3.8.2/Source/cmServerProtocol.cxx:620:64: error: expected primary-expression before ‘>’ token                                                                                                                                                                                                                   620 |                          (i.second ? std::numeric_limits<size_t>::max() : 0));                                                                                                                                                                                                                                                                          |                                                                ^                                                                                                                                                                                                                                                                                  /home/yplinux/cmake-3.8.2/cmake-3.8.2/cmake-3.8.2/Source/cmServerProtocol.cxx:620:67: error: ‘::max’ has not been declared; did you mean ‘std::max’?                                                                                                                                                                                                        620 |                          (i.second ? std::numeric_limits<size_t>::max() : 0));                                                                                                                                                                                                                                                                          |                                                                   ^~~                                                                                                                                                                                                                                                                                   |                                                                   std::max                                                                                                                                                                                                                                                                        In file included from /usr/include/c++/11/algorithm:62,                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    from /home/yplinux/cmake-3.8.2/cmake-3.8.2/cmake-3.8.2/Source/cmLinkItem.h:8,                                                                                                                                                                                                                                                                             from /home/yplinux/cmake-3.8.2/cmake-3.8.2/cmake-3.8.2/Source/cmGeneratorTarget.h:8,                                                                                                                                                                                                                                                                      from /home/yplinux/cmake-3.8.2/cmake-3.8.2/cmake-3.8.2/Source/cmServerProtocol.cxx:7:                                                                                                                                                                                                                                                    /usr/include/c++/11/bits/stl_algo.h:3467:5: note: ‘std::max’ declared here                                                                                                                                                                                                                                                                                 3467 |     max(initializer_list<_Tp> __l, _Compare __comp)                                                                                                                                                                                                                                                                                                     |     ^~~                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           /home/yplinux/cmake-3.8.2/cmake-3.8.2/cmake-3.8.2/Source/cmServerProtocol.cxx:626:39: error: ‘numeric_limits’ is not a member of ‘std’                                                                                                                                                                                                                      626 |       result ^ (in.IsGenerated ? std::numeric_limits<size_t>::max() : 0);                                                                                                                                                                                                                                                                               |                                       ^~~~~~~~~~~~~~                                                                                                                                                                                                                                                                                              /home/yplinux/cmake-3.8.2/cmake-3.8.2/cmake-3.8.2/Source/cmServerProtocol.cxx:626:60: error: expected primary-expression before ‘>’ token                                                                                                                                                                                                                   626 |       result ^ (in.IsGenerated ? std::numeric_limits<size_t>::max() : 0);                                                                                                                                                                                                                                                                               |                                                            ^                                                                                                                                                                                                                                                                                      /home/yplinux/cmake-3.8.2/cmake-3.8.2/cmake-3.8.2/Source/cmServerProtocol.cxx:626:63: error: ‘::max’ has not been declared; did you mean ‘std::max’?                                                                                                                                                                                                        626 |       result ^ (in.IsGenerated ? std::numeric_limits<size_t>::max() : 0);                                                                                                                                                                                                                                                                               |                                                               ^~~                                                                                                                                                                                                                                                                                       |                                                               std::max                                                                                                                                                                                                                                                                            In file included from /usr/include/c++/11/algorithm:62,                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    from /home/yplinux/cmake-3.8.2/cmake-3.8.2/cmake-3.8.2/Source/cmLinkItem.h:8,                                                                                                                                                                                                                                                                             from /home/yplinux/cmake-3.8.2/cmake-3.8.2/cmake-3.8.2/Source/cmGeneratorTarget.h:8,                                                                                                                                                                                                                                                                      from /home/yplinux/cmake-3.8.2/cmake-3.8.2/cmake-3.8.2/Source/cmServerProtocol.cxx:7:                                                                                                                                                                                                                                                    /usr/include/c++/11/bits/stl_algo.h:3467:5: note: ‘std::max’ declared here                                                                                                                                                                                                                                                                                 3467 |     max(initializer_list<_Tp> __l, _Compare __comp)                                                                                                                                                                                                                                                                                                     |     ^~~                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           gmake[2]: *** [Source/CMakeFiles/CMakeServerLib.dir/build.make:135: Source/CMakeFiles/CMakeServerLib.dir/cmServerProtocol.cxx.o] Error 1                                                                                                                                                                                                                  gmake[2]: Leaving directory '/home/yplinux/cmake-3.8.2/cmake-3.8.2/cmake-3.8.2'                                                                                                                                                                                                                                                                           gmake[1]: *** [CMakeFiles/Makefile2:2113: Source/CMakeFiles/CMakeServerLib.dir/all] Error 2                                                                                                                                                                                                                                                               gmake[1]: Leaving directory '/home/yplinux/cmake-3.8.2/cmake-3.8.2/cmake-3.8.2'                                                                                                                                                                                                                                                                           gmake: *** [Makefile:163: all] Error 2                                                                  

    Could you please help me with it? Thank you in advance.

    Yessica

Content aside

  • 1 Likes
  • 4 mths agoLast active
  • 12Replies
  • 305Views
  • 3 Following